Den nya myndigheten föreslås ta hand om tillståndsgivning, tillsyn och tillsynsvägledning som idag utövas av Naturvårdsverket, Havs- och vattenmyndigheten, Kemikalieinspektionen och länsstyrelserna. Länsstyrelserna behåller den operativa tillsynen enligt 7-8 kapitlet i miljöbalken men läggs under MI. Alla centrala myndigheters ansvar för att tillsynsvägleda kommunernas operativa miljötillsyn samlas också hos MI.